Главният герой -
Наруто Узумаки, е силен, непредсказуем и смел
нинджа, в тийнейджърска възраст. Мечтата му е да стане
Хокаге (най-силният нинджа на
Селото скрито в Листата). Сюжетът, този път, е по-стандартен от
Наруто (в него той беше обладан от
лисицата-демон Кюби).
Тук главното нещо, определящо сюжета е обещанието на Наруто пред
Сакура Харуно и себе си, че ще върне
Саске Учиха, който тръгва преди 3 години заедно с
Орочимару, търсещ сила да убие своя по-голям брат -
Итачи Учиха, който е избил целият клан
Учиха. Освен преследването на Саске тук виждаме много повече неща за организацията
Акатски,
която е главен антагонист във ІІ част. Тя е съставена от тесен кръг
много силни шинобита (в който кръг е и Итачи Учиха), които имат за
главна цел да съберат силата на всичките
опашати демони. Наруто е преследван от тях и е в голяма опасност. За да се подготви той напуска селото, за да тренира с
Джирая. През това време Сакура става ученик на
Тсунаде,
а Саске тренира с Орочимару. Тримата члена на отбор 7 тренират под
ръководството на легендарните Саннини. През трите години, които не се
проследяват нито в мангата, нито в анимето, Наруто научава много нови
техники, които се разкриват по време на историята. По време на сериите,
Какаши Хатаке обучава Наруто да контролира чакрата си и в следствие на това, Наруто развива Расеншурикен - подобрение на
Расенган.